Princip označování Fair Trade produktů patří do široké skupiny tzv. eko-labellingu, neboli skupiny nástrojů, které se prostřednictvím trhu a kupní síly spotřebitelů snaží přispět ke změně mnoha současných negativních trendů. Z tohoto pohledu by se do stejné skupiny daly zařadit i podobně zavedené značky, jako např. BIO certifikáty pro produkty ekologického zemědělství či certifikát „Ekologicky šetrný výrobek“. Označování pomocí chráněných známek začne být nezbytné vždy v okamžiku, kdy obchodovaný objem zboží vzroste natolik, že není možné spoléhat se pouze na vzájemnou důvěru a známost producentů a spotřebitelů.
Základním předpokladem přidělování certifikátů a značek je existence nezávislé organizace, která kontrolu produkce či výroby provádí. Jestliže shledá, že veškeré postupy odpovídají daným standardům, udělí oprávnění produkty či výrobky příslušně označovat. V případě Spravedlivého obchodu je největší a nejznámější organizací provádějící pravidelné kontroly producentů a obchodníků Fair Trade Labelling Organizations International (FLO). Organizace sídlí v německém Bonnu a dohlíží na dodržování přísných pravidel, která pro produkci a obchodování s Fairtrade produkty platí. Organizace vznikla sdružením 17 národních certifikačních organizací a v současné době propojuje všechny ekonomicky vyspělé země severní polokoule. Od roku 2004 se jejím členem stala i Asociace pro Fairtrade, jejíž náplní je kontrola dodržování pravidel Spravedlivého obchodu při uvádění těchto produktů na trh v České republice.
Kromě fyzického dohledu nad producenty ve třetím světe a následně i obchodníky a zpracovateli, FLO také vytváří a publikuje standardy, kterými se celý systém Spravedlivého obchodování řídí. V současné době existují standardy na všechny základní obchodované produkty dovážené z rozvojových zemí. Vznikají však i další standardy a jejich seznam i plné znění je pravidelně aktualizováno na webových stránkách FLO (www.fairtrade.net). Na produkty vyprodukované a obchodované pod kontrolou FLO může být následně vydán certifikát FAIRTRADE s příslušným logem.
Je důležité si uvědomit, že systém obchodu s Fairtrade produkty klade určité požadavky na všechny zúčastněné strany, tzn. producenty, obchodníky i spotřebitele. Pro spotřebitele obvykle představuje nákup Fairtrade produktů vyšší výdaj peněz, neboť jsou to právě oni, kdo svým příspěvkem zaručuje dosahování cílů, kvůli kterým myšlenka Spravedlivého obchodu vznikla. Nicméně to neznamená, že ze svých peněz dotuje zemědělce v rozvojových zemí za každou cenu. Pro výrobce je naopak certifikace FLO a získání lepší ceny za své produkty závazkem k dodržování standardů FLO, což musí být při pravidelných kontrolách schopni prokázat. Vzhledem k přísným sociálním a ekologickým požadavkům si pak ne každý zemědělec může nechat svou farmu certifikovat. Ze Spravedlivého obchodu kontrolovaného FLO již dnes profituje 250 farmářských iniciativ a plantáží ve 40 zemích Afriky, Asie a Latinské Ameriky. V tom je zahrnuto na 800 000 rolníků a plantážních dělníků.
Co však produkty, které se také prodávají jako Fair Trade, ale nemají na sobě ochrannou známku „FAIRTRADE“ organizace FLO? Ne vždy se jedná o podvod či klamavou reklamu. Existuje například sít několika set Obchůdku jednoho světa, které svými vlastními mezinárodními pravidly zaručují, že produkty v nich prodávané standardy Spravedlivého obchodu splňují (www.worldshops.org). Podobně jako v českém Obchůdku jednoho světa se zde často nabízí kromě potravin i rukodělné výrobky, kde je spravedlivě rozdělený zisk zaručen pověstí, všeobecnou známostí a transparentností zavedených organizací, které se na obchodě podílí.
Kromě standardů FLO vytvořilo několik zavedených obchodních firem během 80. a 90. let také své soukromé sociální standardy a audity. Z různých důvodů (možností je dokonce i to, že považují své představy o Spravedlivém obchodě za přísnější než FLO) dnes odmítají certifikát FLO a vymýšlejí své vlastní značky a standardy. Přestože u většiny těchto firem je princip zaručen jejich pověstí a mají důvěru zákazníků, problémem může být, že tyto firmy nepodléhají kontrole třetí nezávislé organizace. Spotřebitel by si tak měl při nákupu těchto produktů ověřit, co doopravdy jejich značka Spravedlivého obchodu znamená a jaké záruky o dodržování standardů může firma poskytnout. Pomocným vodítkem může být např. i to, je-li firma členem prestižní organizace International Fair Trade Association (IFAT), která sdružuje více jak 200 členů splňujících kritéria Fair Trade v 55 zemích světa (www.ifat.org).